sábado, 8 de agosto de 2015

Revisiting Generality in Biology: Systems Biology and the Quest for Design Principles

S. Greenpublished online in Biology and Philosophy, DOI: 10.1007/s10539-­‐015-­‐9496-­‐9

Due to the variation, contingency and complexity of living systems, biology is often taken to be a science without fundamental theories, laws or general principles. 
Design principles signify general dependency-relations between structures and functions, given a set of formally defined constraints. I contend that design principles increase our understanding of living systems by relating specific models to general types.
I show that constraint-based generality is distinct from other types of generality in biology, and argue that general principles play a unifying role does not entail theory reduction.

Keywords: Design Principles; Systems Biology; Unification; Biological laws; Constraints; Generic
abstraction




quinta-feira, 30 de julho de 2015

Plasma Ghrelin levels after diet-induced weight loss or gastric bypass

Paper


D.E. Cummings, D.S. Weigle, R. S. Frayor, P. A. Breen, M.K. E. P. Dellinger, J. Q. Purnell. 
Plasma Ghrelin levels after diet-induced weight loss or gastric bypass. 
Ghrelin and Regulation of Body Weight. N Engl J Med, Vol. 346, No. 21. May 23, 2002. 

segunda-feira, 13 de julho de 2015

1889: um espelho para 2015?





Vivemos um momento delicado no Brasil. Falam-se em Impeachment. 


 A república em se veio de um momento delicado. Muitos estavam insatisfeitos com o governo do imperador Dom Pedro II, na verdade esses muitos eram poucos. Eram a aristocracia que não obtiveram do imperador a resposta desejada, em prol dos próprios interesses. 

      A lei contra a escravidão foi a cota d’água. O exército em fúria em torno de como o imperador os tratavam juntaram mãos com os latifundiários pensando nos próprios interesses. A barraca estaca armada, o império tinha os dias contados!  

Um dos problemas mais antigos do Brasil é a deficiente  distribuição de terras. Durante o império, houve uma tentativa de resolvê-lo, mas o tiro sai literalmente pela culatra. O efeito foi o oposto, houve uma maior concentração de terra nas mãos dos grande fazendeiros do que antes.  Em ficção, no filme brasileiro Tropa de Elite, ao tentarem resolver o problema do tráfico de drogas, chegaram-se a conclusão de que estavam fazendo um favor aos traficantes, alguns eram policiais, estavam somente limpando a caminho para cães de grande pedigree.  

Algo similar ocorreu recentemente, com o “mensalão”. Com a luz dos acontecimentos futuros, conclui-se que somente limparam o caminho para dinossauros de grande porte. Foi ilusão a ideia da tentativa de acabar com a corrupção.

Qual seria a consequência?

Poderíamos melhorar, ou poderíamos afundar! Não existem certezas como sempre. Como se disse, se ficar o bicho come, se correr o bicho pega. 

Recentemente, em TV italiana, mostrou-se a casos de Gregos que tiraram as suas vidas como resultado da crise grega, e casos de Italianos. Seria o Brasil caminhando na mesma direção? Mesmo que sim, é certo que ninguém irá chorar uma lágrima pelos mortos. Somos almas perdidas no nada, sem orgulho da pátria, sem respeito à vida. 

O que é pior, guerras, como ocorrem entre Rússia e Ucrânia atualmente, ou a corrupção e falta de respeito pelo país mostrado pelos políticos brasileiros?
 
 



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A facilidade com que se derrubou um regime e se proclamou outro na manha de 15 de novembro, sem reação popular, sem troca de tiros, sem protestos, parecia confirmar, uma vez mais, o mito de que as transformações políticas brasileiras se processam sempre de forma pacífica."
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O sangue que deixou de correr em 1889 verteu em profusão nos dez anos seguintes, resultado do choque entre as expectativas e a realidade do novo regime.
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Quem mandava era a mesma aristocracia
rural que havia dado as cartas
na época
da Monarquia
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A república seria, portanto, uma etapa inevitável do processo histórico nacional,
apenas adiada por circunstâncias
 de cada momento
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Eram eles os sustentáculos do trono, que, em contrapartida, lhes conferia título de nobreza não hereditária, tão efêmero quanto a próprio experiência monárquica brasileira
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Durante 67 anos, o império brasileiro funcionou como um gigante de pés de barro
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Era naquele momento um homem sem pátria
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[Príncipe Augusto Leopoldo de Saxe-Coburgo e Bragança ao embarcar em Colombo a bordo do Almirante Borroso]

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Em qualquer das hipóteses
os militares cercariam o prédio
prenderiam os ministros
destruiriam o governo
e anunciaram uma mudança de regime
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Da rua do ouvidor
o boato rapidamente chegou aos quartéis
e colocou em andamento a
máquina da revolução
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Preferiu deixá-lo dormindo
enquanto
o império mergulhava
no abismo
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Composto de escravos libertos, mulatos,
e capoeiras ["guarda negra"], com o objetivo de defender os direitos
da princesa e assegurar o terceiro reinado
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O monopólio da terra para deixá-la 
estéril e desaproveitada é odioso e causa de inúmeras
e gravíssimos males sociais  
Alfredo Taunay, 1887

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Ao chegar ao Brasil, os imigrantes [Prússia e Bavária, atual Alemanha] logo perceberam que as exigências contratuais de Vergueiro os colocavam como
escravos brancos
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O povo somente escolheria a república 100 anos depois da queda do império. Existiran tentativas de retornar o império, mas foram punidos severamente. 
Muitos derrubaram o império pensando que estavam fazendo outro atividade, sem saber, quando finalmente caiu a fixa, era tarde demais.

“Eu vejo o futuro repetir o passado”.
Cazuza

 
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Baseado na obra de Laurentino Gomes.

sexta-feira, 29 de maio de 2015

Optimal control in life sciences and medicine



Book reviewed: Lenhart, S.; Workman, J.T, Optimal Control Applied to biological models, Chapman & Hall/ CRC, Mathematical and Computational Biology Series, 2007.

sábado, 2 de maio de 2015

Differential Equations and Mathematical Biology

Jones DS, Sleeman BD, Differential Equations and Mathematical Biology. Chapman&Hall/CRC Mathematical Biology and Medicine Series, 2003.